Auch nach Inanspruchnahme der Flexibilitätsprämie bleibt dem Betreiber freigestellt, ob und wie er die Marktanreize für eine tatsächlich flexible Betriebsweise nutzt. Viele Betreiber bleiben beim Bandbetrieb und verdienen zusätzliches Geld mit Regelleistung. Andere Betreiber haben noch keinen Wärmespeicher installiert und würden im Intervallbetrieb sogar Wärmeerlöse verlieren, wenn sie tatsächlich flexibel einspeisen.

Nach enttäuschenden Erfahrungen bei der Regelleistung neigen Biogasbetreiber dazu die Ertragspotenziale am Strommarkt eher gering zu schätzen. Dazu trägt bei, dass sich viele Direktvermarkter noch nicht auf die neuen Anforderungen eingestellt haben. Doch für die nachhaltige Zukunft der Biogasanlagen genügt es nicht mehr, den Betrieb in Grundlast zu fahren und hauptsächlich Regelleistung anzubieten, wie es in der Anfangszeit der Direktvermarktung üblich war.